교수들의 권익을 대변하고 학문연구를 중심으로 대학의 발전을 꾀하는 단체가 있다. 바로 비정규 교원(명예교수ㆍ대우교수)을 제외한 모든 전임교원들이 가입된 ‘건국대학교 교수협의회’이다. 학생회처럼 학칙상 정식기구로 인정받지 못하고 있지만, 전임교원들의 권리를 보장하기 위해 목소리를 내고 있는 단체이다. 우리대학 행정의 수반이라 할 수 있는 총장과 각 부서의 처장이 대부분 교수출신이라는 것을 감안할 때 대학에서 교수가 차지하는 위상은 대단히 높다고 할 수 있겠다.

교수협의회의 회장은 단과대별 교수 수에 비례하여 선출된 대의원들의 직접투표로 선출되며, 대의원들은 학기 중 매달 정기적인 대의원회의를 가진다. 대의원회의에서는 대학발전을 위한 기본 정책과 전임교원들의 복리후생에 관해 논의하며, 이에 결정된 사안을 대학에 건의하기도 한다.

교수협의회는 대학학문의 증진을 위해 가장 노력하고 있는 단체이기도 하다. 류영수(수의대ㆍ수의학) 교수협의회 총무간사는 “대학의 중심은 학문이 되어야 한다”라며 “교수들은 학생들을 위한 교육과 교수들의 학문연구를 우선시 하는데 앞장서고 있다”고 강조했다.