교협과 노조는 8월 8일, 새 총장에게 보내는 서신에서 ‘전임 총장 하에서 잘못된 개혁을 주도하거나 수수방관했던 현 주요 보직자들이 하루 빨리 일괄적으로 사퇴해야 할 것’이라며 ‘새 총장도 이를 강력하게 종용해야 한다’고 전한 바 있다.
하지만 몇몇 주요 보직자들이 ‘9월 1일자 교무위원 인사발령’에서 그대로 자신의 자리를 지키게 됐다. 이에 교협과 노조는 ‘신임 총장 인사권에 영향을 미치고 어둠 속에서 인사를 좌지우지하고 있는 불온 세력들을 더 이상 좌시할 수 없다’는 결론을 내려 사건 당시가 아닌 이제 와서야 전임 총장을 고발하게 된 것이다. 노조 안진우 위원장은 “그 당시엔 고발 건으로 학교가 구설수에 오르는 것을 원치 않았었다”며 “하지만 현재는 김 전 총장 퇴출 후 새 집행부와 새 총장으로 학교가 정상화될 것이란 기대가 무너졌다”고 말했다.
교협 장영백 교수는 “김 전 총장은 비리와 행정난맥상 여러 가지로 자숙하고 반성해야 하지만 나쁜 일들을 계획하고 인사에까지 개입하고 있다”며 “이제 더 이상 구성원들을 괴롭히지 못하도록 책임을 확실히 물을 것”이라 말했다. 안 위원장은 “학교 측에 유임 인사 교체를 요청했지만 답변이 제대로 오지 않았고 비호세력들은 반성도 하지 않는 상황이다”며 “우선 김진규 전 총장에 1차적으로 불법적인 업무 집행에 책임을 묻겠다”고 전했다. 이어 “또한 유임된 보직자들이 사퇴하지 않는다면 교협과 노조, 동문교수협의회가 더 강한 행동을 보일 것”이라고 밝혔다.
지난 6일, 동문교수협의회에서도 ‘교협과 노조의 성명을 적극 지지하며’라는 제목의 성명서를 발표했다. 동문교수협의회는 성명서에서 ‘우리는 부도덕하고 무능력한 전임 총장의 불법적인 학교업무 수행에 대한 검찰 고발이 건국학원의 정상화를 위한 불가피한 조치임에 동의한다’며 ‘학내의 인사와 행정 파행을 야기한 전임 총장의 비호세력에게 엄정한 책임을 물어야 한다’고 전했다. 또 ‘아울러 다시는 이러한 무리들이 무소불위의 권한을 행사하는 일이 없도록 법인이 인사관리에 철저를 기할 것을 요구한다’는 내용이 포함돼 있다.
법인 측에 이번 고발에 대한 입장을 묻자 “이는 대학의 문제지, 법인과 관련된 일이 아니다”라며 “총장실에 문의하라”는 답변이 돌아왔다. 한편 총장실 관계자는 “현재는 입장을 이야기할 상황이 아니고, 추이를 지켜본 후에 입장을 말할 수 있을 것”이라며 “김진규 전 총장을 고발한 것이지 학교를 고발한 것이 아니다”라고 덧붙였다.