국정원이 선거에 개입했다는 것이 사실로 밝혀지자, 사건의 진상 규명 및 책임자 처벌을 요구하는 목소리가 울려 퍼졌다. 6월 21일, 서울대학교 총학생회의 성명서 발표 및 기자회견을 시작으로 이화여자대학교, 경희대학교, 동국대학교 등 여러 대학의 총학생회가 시국선언문을 발표했다. 또 한양대학교, 동국대학교, 전남대학교 등 교수들도 이번 사건의 심각성을 알리고 규탄하는 시국선언문을 발표했다. 시국선언에 동참한 성균관대학교 홍종선 교수는 “국정원은 국제적인 업무를 맡는 곳인데 국내 정치에 개입에 여당의 꼭두각시 노릇을 하는 등 본연의 자세를 망각하고 있다”며 “언론조차 이를 지적하지 않고 있기 때문에 가만히 있을 수 없었다”고 말했다. 또 푸른꿈고등학교, 간디학교 등 대안학교 고등학생들도 시국선언에 동참해 사건 진상 규명에 대해 적극적으로 요구했다. 지난 6월 21일부터 서울 청계천 광장, 시청광장 등 곳곳에서 국정원 대선개입 규탄 촛불문화제가 계속 이어지고 있으며 나날이 참여하는 시민의 수도 증가하고 있다.

하지만 이들을 바라보는 시선이 곱지만은 않다. 일간베스트저장소는 시국선언한 학교의 학생들 명단을 유포해 이들에게 ‘빨갱이, 좌파좀비’ 등이란 수식어를 붙였다. 또 한국자유총연맹도 이러한 대학가의 움직임을 "제2의 광우병 사태를 촉발시키려는 종북세력의 음모"라고 비난하며 근거없는 소문 유포와 여론을 조작하는 등 이 사안에 대한 무분별한 확대 재생산을 반대하는 성명을 발표하기도 했다. 애국주의연대 최용호 대표도 “대학운동권 출신인 좌편향 검사가 국정원 댓글 사건을 수사한 결과를 납득할 수 없다”며 “이를 빌미로 국정원 해체와 무력화를 노리는 음모에 대해 우려한다”고 밝혔다. 또한 촛불문화제를 규탄하는 맞불집회도 계속 열리고 있다. 지난 13일, 대한민국어버이연합은 촛불문화제에 가담하는 시민들을 국가안보를 뒤흔드는 종북세력으로 간주하고 촛불문화제를 그만둘 것을 촉구하는 맞불 집회를 열었다.

이러한 반응에 촛불문화제에 참여한 한 시민은 “국정원이 선거에 개입한 것은 민주주의의 근간을 흔드는 문제로 보수든 진보든 모두가 분노해야하는 상황인데 진영의 논리로 몰아붙이니 답답하다”고 토로했다.