중선관위는 마지막 개표까지도 논란을 몰고 다녔다. 재검표만 남겨두고 개표가 완료된 시점, <The Change> 선본과 <정> 선본의 표차는 587표로 <정> 선본이 앞서고 있었으나 무효표는 866표였다. 세칙에 의거 두 선본의 표차보다 무효표가 많으면 재투표를 실시하게 된다. 개표가 중간정도 완료됐을 때 중선관위와 양 선본은 무효표 수가 너무 많다는데 동의했고, 무효표 기준을 낮추기로 합의했었다. 그러나 무효표 기준을 낮췄음에도 두 선본의 표차보다 무효표가 180여 표 많았다.

중선관위에서는 재검표만 남겨놓고 무효표 기준을 재조정하자는 안건을 의결했다. 마지막 재검표를 앞둔 시점 무효표 기준을 재조정하자는 중선관위의 의결에 <The Change> 선본은 “처음 무효표 기준을 완화할 때 무효표 기준을 확실히 정했다”며 “이는 원칙을 뒤집는 비상식적인 결정”이라고 강력히 반발했다. 일부 중선관위원이 “무효표 차가 많으면 세칙 상 재투표를 하는 것이 당연한 결정”이라고 밝혔으나, 대부분의 중선관위원들은 “무효표 기준에 대해 학우들의 의견을 묻자”라며 “무효표에 대한 기준을 재조정하자”고 주장했고 결국 ‘무효표 기준 재조정’안이 의결됐다.

그러나 학우들에게 물어보자는 ‘무효표 기준 재조정’안이 의결된 뒤 몇몇 중선관위원이 “이를 중선관위에서 결정할 권한이 있다”며 “중선관위에서 무효표 기준을 재조정하자”고 의견을 밝혔다. 이에 ‘학우들에게 의견을 물어 기준을 재조정하자’라는 안과 ‘중선관위에서 무효표 기준을 재조정하자’라는 안으로 다시 논의됐다. 그러나 두 가지 모두 부결돼 바로 재검표를 실시했고 끝내 재투표라는 결과는 바뀌지 않았다.

중선관위의 이런 결정에 <정> 선본에서는 “중선관위에서 정한 무효표는 공직선거법에 의하면 유효표에 속한다”며 “학우들이 알지도 못하는 무효표의 기준을 중선관위에서 자의적으로 해석할 수 있느냐”고 되물었다. 또한 “중선관위가 무효표 기준을 잘못 정한 것을 인정한다면 나중에서라도 재조정했어야 했다”고 주장했다.

중선관위는 무효표에 대한 기준을 학우들에게 전혀 알리지 않았다. 원래 기표소에는 무효표에 대한 안내 공고가 붙어있으나 이번 선거는 이런 조치가 전혀 없었다. 게다가 중선관위는 개표하고 있는 도중에 무효표의 기준을 바꾸고, 개표 후에도 무효표 기준을 재조정하자는 안건을 의결하는 등, 우왕좌왕한 모습을 보였다. 양측 선본은 “이번 사태에 대해 중선관위의 책임을 물어야 할 것”이라고 입을 모았다.